Trò chơi vẫn giữ nguyên cơ chế như dòng game gốc của nó. Giống như hầu hết các trò chơi Harvest Moon/Story of Seasons, cứ sau 10 giây ngoài đời thực sẽ tương đương mười phút trôi qua trong thế giới của trò chơi. Ngoài ra, người chơi vẫn có thể trồng trọt và sử dụng nông cụ nhưng vẫn bị giảm sức chịu đựng. Tuy nhiên, việc cơ chế mua bán động vật đã được thay thế bằng việc đánh bại quái vật trong dungeon, sử dụng cơ chế chiến đấu tương tự như The Legend of Zelda trên SNES và GBA. Người chơi có thể kết bạn với quái vật và đổi lại, chúng giúp đỡ người chơi trong trận chiến hoặc cung cấp hàng hóa có thể bán được. Người chơi cũng có thể nâng cấp thiết bị nông trại để giúp cho việc đồng áng trong game dễ dàng hơn.

Hit point

Giống như hầu hết các trò chơi Harvest Moon/Story of Seasons, nhân vật chính được cung cấp một lượng thể lực hạn chế. Vì Rune Factory cũng là một game đối kháng nên người chơi còn có có thêm thanh HP (hit point - điểm đánh) giới hạn, tương đương với mạng sống của mình. Nếu nhân vật mất hết HP khi làm công việc đồng áng, anh sẽ ngất xỉu, nhưng nếu anh mất toàn bộ HP khi chiến đấu trong hang động, Raguna sẽ gục ngã trong hang động và người chơi sẽ nhận được một "trò chơi kết thúc". Sau đó, người chơi sẽ được đưa trở lại nơi anh đã lưu trò chơi lần cuối.

Rune point

Phần thể hiện sức chịu đựng được hiển thị ở phía trên bên trái màn hình cảm ứng DS, trong một thanh màu xanh lam được gọi là "Rune Point" của Raguna. RP của Raguna rất cần thiết cho công việc đồng áng, vì sử dụng công cụ, chế tạo vũ khí/thuốc và nấu ăn đều làm giảm RP của anh ta. Nếu Raguna không có bất kỳ Rune Point nào, các công việc hàng ngày và chiến đấu sẽ giảm HP của anh ấy.

RP và HP có thể hồi phục dễ dàng nhất bằng cách ngủ vào ban đêm. Nấu thức ăn cũng có thể khôi phục một chút HP/RP của Raguna, và đi đến nhà tắm địa phương do Melody điều hành sẽ khôi phục hoàn toàn tất cả HP/RP.

Hệ thống chiến đấu

Game sử dụng hệ thống trò chơi nhập vai hành động. Quái vật sẽ được triệu hồi từ thiết bị triệu hồi đặt trong hang động, trừ khi người chơi phá hủy thiết bị này nếu không quái vật sẽ xuất hiện hồi vô hạn . Ngay cả khi thiết bị đã bị phá hủy một lần, nó sẽ hôi phục lại đi người chơi ra ngoài hang động và quay vào lại. Để vào phòng của con trùm sâu nhất, người chơi phải phá hủy tất cả các thiết bị trong hang trước đó. Nhân vật chính sử dụng vũ khí (hoặc thiết bị nông trại) để tiêu diệt hoặc thu phục quái vật.

Quái vật

Thay vì chăn nuôi gia súc gia cầm thông thường, quái vật giờ đây có thể được nuôi nhốt trong các túp lều của quái vật. Đầu tiên, người chơi phải xây dựng một nhà kho cho quái vật và sau đó vào rừng bắt quái vật. Người chơi sẽ phải nói chuyện với những con quái vật và yêu cầu chúng giúp thu hoạch hoặc tưới nước. Một số quái vật cũng tạo ra các sản phẩm phụ (sữa, trứng, v.v.). người chơi có thể đem theo quái vật để khám phá các hang động.

Hẹn hò và kết hôn

Người chơi có thể hẹn hò/tán tỉnh các nhân vật khác không phải người chơi (NPC), lựa chọn thái độ của người chơi đối với nhân vật trong các lựa chọn hành động hoặc hộp thoại.[2]

Nếu người chơi nói chuyện với các nhân vật nữ tiềm năng hoặc tặng quà, "mức độ yêu" của người chơi sẽ tăng lên, và người chơi có thể kết hôn nếu đáp ứng các điều kiện cho từng nhân vật sau khi người chơi đạt "mức độ yêu" cao nhất. Người chơi vẫn có thể tiếp tục chơi sau khi kết hôn và có con. Có tổng cộng 11 ứng cử viên độc thân để kết hôn.